2217年，科学家发现地球正面临着前所未有的危机。有一个黑洞不断接近太阳系，地球即将被吸入其中。人类幸存下来的方法只有一个，那就是离开母星地球、移居其它星球，新的家园选定在距离地球2万7千光年的赛玛尔星系。至2220年地球毁灭只剩下三个月时间了。在科学联邦宇宙局的指挥下，三亿人的第一移民船队正式出发。谁知船队在途中遭到神秘舰队的袭击，就此音讯皆无，而指挥船队的正是古代雪。接着第二移民船队也遇袭失去了联络。在这样的紧急事态下，宇宙科学局本部长真田找到了雪的丈夫古代近，请他出任第三移民船队的负责人。古代近是宇宙战舰大和号的舰长，17年前，大和号为了拯救地球而自爆，如今新的大和号已重建完成。船体经最新技术强化，除了强劲的引擎之外，动力系统的功率大副提升，还有武器波动炮也获得了晋级，可以进行六连射。古代近相信妻子还活着，他和新旧同僚一起坐上了新的大和号。大和号率领第三移民船队来到了距地球1万7千光年的地方，前两个船队正是在这里遭到攻击的。为了躲过神秘舰队的雷达搜索，大和号利用附近黑洞的能量，让船队逐次进行电影下载大规模长距离瓦普跳跃。突然，敌对的舰队出现了。他们是由好几个行星的军队构成的外星人联合军。大和号尽力与敌方周旋，确保船队完成了瓦普跳跃。第三移民船队终于到达了赛玛尔星系中的阿玛尔行星。谁知这个行星也是联合舰队中的一员。组建舰队的是拥有强大军事力量的SUS国，许多国家因为害怕SUS而加入星际联盟，成了威胁地球人的凶徒。阿玛尔星的女王伊莉亚一方面忌惮SUS国，一方面又向往自由与和平。究竟是接纳地球人还是命令他们离开？伊莉亚非常苦恼。不料，凶暴的SUS国向阿玛尔星发动了进攻。一座巨大的宇宙要塞出现在大和号面前，普通武器对拥有防护场的要塞丝毫不起作用，而要塞的巨炮顷刻间就将大和号的护卫舰一举全歼。最终大和号能否战胜强大的敌人？人类又能否得以幸存？