《东京食尸鬼》讲述了在纷乱嘈杂的现代化城市东京蔓延着一种吞食人类的怪物，人们称之为喰种。他们外表与人几乎没有差异，但却只以人类为食，是人类的天敌。有一天，一名叫做金木研的上井大学普通学生遇上了某位神秘女子神代利世，进而卷入了一场精心策划的事故。之后被改造为半人半喰种、一度感到孤独无助的金木被喰种咖啡店的老板收留。但好景不长，喰种组织青铜树很快找到了他并带走他接受酷刑。最终金木明白软弱即是罪恶，并决意变强，从此走上了另一条路。