《弹丸论破3》讲述在超高校级的绝望带来的人类史上最大最恶的绝望事件之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，未来机关结成了。打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生，加入了未来机关。他们在此继续复兴世界的活动，但苗木却被问以庇护绝望的残党这一叛逆之罪。未来机关众人为了苗木的处分而聚集在一起，却遭到黑白熊的监禁，并被要求进行最后的自相残杀。手臂被戴上了奇妙的手环，过了一定时间就会被投以安眠药。不止如此，这其中还存在着背叛者，是为了杀掉未来机关而来的。为了生存下去，非得找出背叛者并杀掉不可。不存在学级裁判这一规则的自相残杀。杀或者被杀，在这极限状态的死亡游戏中，苗木等人被逼入绝境。希望杀死希望的绝望物语开始了。